Dans le cadre de la nouvelle gouvernance, le CHU de Toulouse a mis en place une nouvelle organisation en pôles d’activité depuis 2004.

Les disciplines médicales sont regroupées au sein de 14 pôles hospitalo-universitaires médicaux. Chaque pôle regroupe des services et des disciplines autour d’une logique d’activité.

Les disciplines médico-techniques (blocs opératoires, imagerie, biologie, pharmacie, santé publique et médecine sociale, centre des prestataires spécialisés) sont regroupées au sein de 5 pôles hospitalo-universitaires médico-techniques.